Cannot update Ubuntu 12.04: dpkg errors

The reason for your problem seems to be an error in the configuration file that specifies where the package management system looks for packages and updates to install.

To correct that open a terminal (a.g. by simultaneously pressing ctrl-alt-t) and issue the command
gksudo gedit /etc/sources.list
You will be requested to enter your password, and then an editor with the sources.list will open.
Scroll down to the very end and in the last line remove the second half of that line ("deb http://deb.opera.com/opera/ stable non-free"), such that only that text remains in the last line:
"deb-src http://extras.ubuntu.com/ubuntu precise main"
Save the file and close the editor, and then try updating again.
Please report the results, that we can help further if there is still a problem.

Tried to run :

gksudo gedit /etc/sources.list

but received error message:

Failed to run gedit '/etc/sources.list' as user root.

Unable to copy the user's Xauthorization file.

Any help?

Tried to run :

gksudo gedit /etc/sources.list

but received error message:

Failed to run gedit '/etc/sources.list' as user root.

Unable to copy the user's Xauthorization file.

Any help?

Just received message (in terminal):

"No space left on device"

I am still unable to open and edit file /etc/sources.list

Any suggestion?

What is the output of :

df -h; lsb_release -a

Thanks

The file is /etc/apt/sources.list not /etc/sources.list

The output of

df -h; lsb_release -a

is follows:

df: »/root/.gvfs“: Keine Berechtigung
Dateisystem Größe Benutzt Verf. Verw% Eingehängt auf
/dev/sda5 7,9G 6,3G 1,3G 84% /
udev 4,0G 4,0K 4,0G 1% /dev
tmpfs 1,6G 980K 1,6G 1% /run
none 5,0M 0 5,0M 0% /run/lock
none 4,0G 160K 4,0G 1% /run/shm
/dev/sda7 79G 36G 40G 48% /home
/home/akoks/.Private 79G 36G 40G 48% /home/akoks
/dev/sdb1 932G 91G 841G 10% /media/HITACHI
No LSB modules are available.
Distributor ID: Ubuntu
Description: Ubuntu 12.04.2 LTS
Release: 12.04
Codename: precise

I did edit /etc/apt/sources.list. However, even after the correction I kept receiving the message that dpkg process was interrupted and that I have to run

sudo dpkg --configure -a

The above command failed to solve the problem, giving me further error messages that it couldn't open

/var/lib/dpkg/status

to write the status, citing lack of space on the device. My disk is not full, but even attempting to delete old kernels doesn't work too.

Thanks

Try this: mv -v /var/lib/dpkg/status /var/lib/dpkg/status.old. And then do: sudo dpkg --configure -a.
If this fails, it's either that you've run out of disk space (The above command proved that you aren't), or that the filesystem is mounted in read-only mode. Please let me know if this helps.

I suggest you boot to live CD and run an fsck on your system partition.

I assume that the problem with "no space left on device" has to be solved first.

Please provide also the output of the command
df -i

(P.S: Sorry for the ommission error in the directory name of /etc/apt/sources.list)

@m-hampl:

running df -i produced:

Dateisystem Inodes IBenutzt IFrei IUse% Eingehängt auf
/dev/sda5 525200 525200 0 100% /
udev 192868 602 192266 1% /dev
tmpfs 197896 575 197321 1% /run
none 197896 3 197893 1% /run/lock
none 197896 11 197885 1% /run/shm
/dev/sda7 5242880 23954 5218926 1% /home
/home/akoks/.Private 5242880 23954 5218926 1% /home/akoks
/dev/sdb1 881853600 44798 881808802 1% /media/HITACHI

It seems issue may be with having run out of free space (?).

@hamishmb:

running

sudo mv -v /var/lib/dpkg/status /var/lib/dpkg/status.old
sudo dpkg --configure -a

ended with error message that the status file "/var/lib/dpkg/status" could not be opened: folder/file does not exist.

@andrew-woodhead666:

will run fsck on system from livecd and report.

cheers for now.

Dateisystem Inodes IBenutzt IFrei IUse% Eingehängt auf
/dev/sda5 525200 525200 0 100% /

You have run out of free inodes on your / file system.

There are two limits on an ext2/ext3/ext4 file system: data space and total number of inodes (each file occupies one inode, so in fact it is a limit for the total number of files that can be stored). You have hit that inode limit. Before you can do anything, you have to free some inodes by deleting some files.
I guess that you have several old kernel and kernel header versions that are not needed any more.

Please issue the terminal command
dpkg -l linux-\* | grep ^ii
and copy/paste all output into this question document that we can tell you how to best remove some obsolete kernel packages.

@m-hampl:
Result

akoks@akoks-Think:~$ dpkg -l linux-\* | grep ^ii
dpkg-query: Fehler: Öffnen der Paket-Infodatei »/var/lib/dpkg/status« zum Lesen fehlgeschlagen: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden

same as output (result) as after issuing

 sudo dpkg --configure -a

cheers.

Try again with these commands:

sudo mv -v /var/lib/dpkg/status.old /var/lib/dpkg/status
dpkg -l linux-\* | grep ^ii

and copy/paste all output as done before.

@m-hampl:

Here, as requested:

akoks@akoks-Think:~$ sudo mv -v /var/lib/dpkg/status.old /var/lib/dpkg/status
[sudo] password for akoks:
»/var/lib/dpkg/status.old“ -> »/var/lib/dpkg/status“
akoks@akoks-Think:~$ dpkg -l linux-\* | grep ^ii
ii linux-firmware 1.79.4 Firmware for Linux kernel drivers
ii linux-headers-3.2.0-29 3.2.0-29.46 Header files related to Linux kernel version 3.2.0
ii linux-headers-3.2.0-29-generic-pae 3.2.0-29.46 Linux kernel headers for version 3.2.0 on 32 bit x86 SMP
ii linux-headers-3.2.0-30 3.2.0-30.48 Header files related to Linux kernel version 3.2.0
ii linux-headers-3.2.0-30-generic-pae 3.2.0-30.48 Linux kernel headers for version 3.2.0 on 32 bit x86 SMP
ii linux-headers-3.2.0-31 3.2.0-31.50 Header files related to Linux kernel version 3.2.0
ii linux-headers-3.2.0-31-generic-pae 3.2.0-31.50 Linux kernel headers for version 3.2.0 on 32 bit x86 SMP
ii linux-headers-3.2.0-32 3.2.0-32.51 Header files related to Linux kernel version 3.2.0
ii linux-headers-3.2.0-32-generic-pae 3.2.0-32.51 Linux kernel headers for version 3.2.0 on 32 bit x86 SMP
ii linux-headers-3.2.0-33 3.2.0-33.52 Header files related to Linux kernel version 3.2.0
ii linux-headers-3.2.0-33-generic-pae 3.2.0-33.52 Linux kernel headers for version 3.2.0 on 32 bit x86 SMP
ii linux-headers-3.2.0-34 3.2.0-34.53 Header files related to Linux kernel version 3.2.0
ii linux-headers-3.2.0-34-generic-pae 3.2.0-34.53 Linux kernel headers for version 3.2.0 on 32 bit x86 SMP
ii linux-headers-3.2.0-35 3.2.0-35.55 Header files related to Linux kernel version 3.2.0
ii linux-headers-3.2.0-35-generic-pae 3.2.0-35.55 Linux kernel headers for version 3.2.0 on 32 bit x86 SMP
ii linux-headers-3.2.0-36 3.2.0-36.57 Header files related to Linux kernel version 3.2.0
ii linux-headers-3.2.0-36-generic-pae 3.2.0-36.57 Linux kernel headers for version 3.2.0 on 32 bit x86 SMP
ii linux-headers-3.2.0-37 3.2.0-37.58 Header files related to Linux kernel version 3.2.0
ii linux-headers-3.2.0-37-generic-pae 3.2.0-37.58 Linux kernel headers for version 3.2.0 on 32 bit x86 SMP
ii linux-headers-3.2.0-38 3.2.0-38.61 Header files related to Linux kernel version 3.2.0
ii linux-headers-3.2.0-38-generic-pae 3.2.0-38.61 Linux kernel headers for version 3.2.0 on 32 bit x86 SMP
ii linux-headers-3.2.0-39 3.2.0-39.62 Header files related to Linux kernel version 3.2.0
ii linux-headers-3.2.0-39-generic-pae 3.2.0-39.62 Linux kernel headers for version 3.2.0 on 32 bit x86 SMP
ii linux-headers-3.2.0-40 3.2.0-40.64 Header files related to Linux kernel version 3.2.0
ii linux-headers-3.2.0-40-generic-pae 3.2.0-40.64 Linux kernel headers for version 3.2.0 on 32 bit x86 SMP
ii linux-headers-3.2.0-41 3.2.0-41.66 Header files related to Linux kernel version 3.2.0
ii linux-headers-3.2.0-41-generic-pae 3.2.0-41.66 Linux kernel headers for version 3.2.0 on 32 bit x86 SMP
ii linux-image-3.2.0-38-generic-pae 3.2.0-38.61 Linux kernel image for version 3.2.0 on 32 bit x86 SMP
ii linux-image-3.2.0-39-generic-pae 3.2.0-39.62 Linux kernel image for version 3.2.0 on 32 bit x86 SMP
ii linux-image-3.2.0-40-generic-pae 3.2.0-40.64 Linux kernel image for version 3.2.0 on 32 bit x86 SMP
ii linux-image-3.2.0-41-generic-pae 3.2.0-41.66 Linux kernel image for version 3.2.0 on 32 bit x86 SMP
ii linux-libc-dev 3.2.0-41.66 Linux Kernel Headers for development
ii linux-sound-base 1.0.25+dfsg-0ubuntu1.1 base package for ALSA and OSS sound systems

open a terminal and issue the command

sudo dpkg purge linux-headers-3.2.0-3\*

After that do the commands

df -i
dpkg -l linux-\* | grep ^ii
sudo dpkg --configure -a
find /etc/apt -name '*.list' -exec bash -c 'echo -e "\n$1\n"; cat -n "$1"' _ '{}' \;

again and copy/paste the output.

the command

sudo dpkg purge linux-headers-3.2.0-3\*

needs requires an option:

dpkg: Fehler: eine Aktions-Option wird benötigt

Nutzen Sie dpkg --help für Hilfe zur Installation und Deinst. von Paketen [*];
Benutzen Sie »dselect« oder »aptitude« für benutzerfreundliches Paketmanagement;
Nutzen Sie dpkg -Dhelp für eine Liste von Debug-Flags von dpkg;
Nutzen Sie dpkg --force-help für eine Liste von Optionen zum Erzwingen;
Nutzen Sie dpkg-deb --help für Hilfe zum Manipulieren von *.deb-Dateien;

Optionen mit [*] geben viel aus - schicken Sie es durch »less« oder »more«!

what/which options must i use?

cheers.

Sorry, lost the minus characters...

sudo dpkg --purge linux-headers-3.2.0-3\*

@m-hampl:

did run

sudo dpkg --purge linux-headers-3.2.0-3\*

it's stil givingl:

dpkg: Fehler: Öffnen von »/var/lib/dpkg/status« zum Schreiben der status-Datenbank fehlgeschlagen: Auf dem Gerät ist kein Speicherplatz mehr verfügbar

@andrew-woodhead666:

will run fsck on system from livecd and report.

@andrew-woodhead666:

From current livecd, i run fsck on system partition (/sda5). Results:

ubuntu@ubuntu:~$ sudo fsck /dev/sda5
fsck from util-linux 2.20.1
e2fsck 1.42 (29-Nov-2011)
/dev/sda5: clean, 525185/525200 files, 1675887/2100224 blocks
ubuntu@ubuntu:~$ sudo fsck.jfs /dev/sda5
fsck.jfs version 1.1.15, 04-Mar-2011
processing started: 5/31/2013 10:20:58
Using default parameter: -p
The current device is: /dev/sda5

The superblock does not describe a correct jfs file system.

If device /dev/sda5 is valid and contains a jfs file system,
then both the primary and secondary superblocks are corrupt
and cannot be repaired, and fsck cannot continue.

Otherwise, make sure the entered device /dev/sda5 is correct.

Are you sure that the file system on /dev/sda5 is JFS? I would have expected a ext2/ext3/ext4 filesystem.

I would like to recommend to manually remove a number of files to give you 'room for maneuver':

sudo rm -r /usr/src/linux-headers-3.2.0-29/arch/*

and then try again
sudo dpkg --purge linux-headers-3.2.0-3\*

From my livecd:

ubuntu@ubuntu:~$ sudo mount /dev/sda5 /mnt
ubuntu@ubuntu:~$ ls /mnt
bin dev initrd.img lib mnt root selinux tmp vmlinuz
boot etc initrd.img.old lost+found opt run srv usr vmlinuz.old
cdrom home iron.deb media proc sbin sys var
ubuntu@ubuntu:~$ sudo rm -r /usr/src/linux-headers-3.2.0-29/arch/*
rm: cannot remove `/usr/src/linux-headers-3.2.0-29/arch/*': No such file or directory

When you are still running the life system from CD, the command would have to be

sudo rm -r /mnt/usr/src/linux-headers-3.2.0-29/arch/*

ubuntu@ubuntu:~$ sudo rm -r /mnt/usr/src/linux-headers-3.2.0-29/arch/*
ubuntu@ubuntu:~$

@m-hampl

Now on my host system (no livecd).

managed ro delete linux-headers:

akoks@akoks-Think:~$ sudo dpkg --purge linux-headers-3.2.0-3\*
[sudo] password for akoks:
(Lese Datenbank ... 497136 Dateien und Verzeichnisse sind derzeit installiert.)
Entfernen von linux-headers-3.2.0-36-generic-pae ...
Entfernen von linux-headers-3.2.0-32-generic-pae ...
Entfernen von linux-headers-3.2.0-30-generic-pae ...
Entfernen von linux-headers-3.2.0-37-generic-pae ...
Entfernen von linux-headers-3.2.0-39-generic-pae ...
Entfernen von linux-headers-3.2.0-31-generic-pae ...
Entfernen von linux-headers-3.2.0-34-generic-pae ...
Entfernen von linux-headers-3.2.0-36 ...
Entfernen von linux-headers-3.2.0-37 ...
Entfernen von linux-headers-3.2.0-34 ...
Entfernen von linux-headers-3.2.0-32 ...
Entfernen von linux-headers-3.2.0-30 ...
Entfernen von linux-headers-3.2.0-31 ...
Entfernen von linux-headers-3.2.0-39 ...
Entfernen von linux-headers-3.2.0-35-generic-pae ...
Entfernen von linux-headers-3.2.0-33-generic-pae ...
Entfernen von linux-headers-3.2.0-38-generic-pae ...
Entfernen von linux-headers-3.2.0-35 ...
Entfernen von linux-headers-3.2.0-33 ...
Entfernen von linux-headers-3.2.0-38 ...

what next? kernel images?. Must I proceed?

cheers.

Now try
df -i again
it should show about 5000 inodes available on /dev/sda5

You can try rebooting the system into the normal OS, and hopefully the "dpkg --purge ..." command will work, removing several thousand redundant files, and giving you enough free space and inodes that you can re-start the repair activities (gksudo gedit /etc/apt/sources.list and remove the second half of the last line).

May want to uninstall old unused kernels.

cheers.

akoks@akoks-Think:~$ df -i
Dateisystem Inodes IBenutzt IFrei IUse% Eingehängt auf
/dev/sda5 525200 293056 232144 56% /
udev 192868 605 192263 1% /dev
tmpfs 197896 576 197320 1% /run
none 197896 3 197893 1% /run/lock
none 197896 7 197889 1% /run/shm
/dev/sda7 5242880 24385 5218495 1% /home
/home/akoks/.Private 5242880 24385 5218495 1% /home/akoks
/dev/sdb1 881853600 44798 881808802 1% /media/HITACHI

My current kernel is 3.2.0-41-generic-pae

I checked with synaptic and discovered the system had previously tried to update to linux-headers-3-2-0-44-53 unsuccessfully (partially installed). Must i delete first before proceeding to reboot?

As you can see, half of the inodes on sda5 are now free.

The next step should be to get the system updated to the latest version.

Try
sudo dpkg --configure -a
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
To see if the package system can restart all activities.
(Copy/paste the output as done before.)

akoks@akoks-Think:~$ sudo dpkg --configure -a
[sudo] password for akoks:
dpkg: Abhängigkeitsprobleme verhindern Konfiguration von linux-headers-generic-pae:
 linux-headers-generic-pae hängt ab von linux-headers-3.2.0-44-generic-pae; aber:
  Paket linux-headers-3.2.0-44-generic-pae ist nicht installiert.
dpkg: Fehler beim Bearbeiten von linux-headers-generic-pae (--configure):
 Abhängigkeitsprobleme - verbleibt unkonfiguriert
dpkg: Abhängigkeitsprobleme verhindern Konfiguration von linux-generic-pae:
 linux-generic-pae hängt ab von linux-headers-generic-pae (= 3.2.0.44.53); aber:
  Paket linux-headers-generic-pae ist noch nicht konfiguriert.
dpkg: Fehler beim Bearbeiten von linux-generic-pae (--configure):
 Abhängigkeitsprobleme - verbleibt unkonfiguriert
Fehler traten auf beim Bearbeiten von:
 linux-headers-generic-pae
 linux-generic-pae

ok, then try the other two commands

sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade

and provide all output like you did befroe

First part:

akoks@akoks-Think:~$ sudo apt-get update
OK http://archive.canonical.com precise Release.gpg
OK http://de.archive.ubuntu.com precise Release.gpg
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security Release.gpg
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates Release.gpg
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports Release.gpg
OK http://extras.ubuntu.com precise Release.gpg
OK http://deb.opera.com stable Release.gpg
OK http://archive.canonical.com precise Release
OK http://de.archive.ubuntu.com precise Release
OK http://extras.ubuntu.com precise Release
OK http://deb.opera.com stable Release
OK http://archive.canonical.com precise/partner Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security Release
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates Release
OK http://extras.ubuntu.com precise/main Sources
OK http://deb.opera.com stable/non-free i386 Packages
OK http://archive.canonical.com precise/partner i386 Packages
Ign http://archive.canonical.com precise/partner TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports Release
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/main Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/restricted Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/universe Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/multiverse Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/main i386 Packages
OK http://extras.ubuntu.com precise/main i386 Packages
Ign http://extras.ubuntu.com precise/main TranslationIndex
Ign http://deb.opera.com stable/non-free TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/restricted i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/universe i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/multiverse i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/main TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/multiverse TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/restricted TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/universe TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/main Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/restricted Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/universe Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/multiverse Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/main i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/restricted i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/universe i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/multiverse i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/main TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/multiverse TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/restricted TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/universe TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/main Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/restricted Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/universe Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/multiverse Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/main i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/restricted i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/universe i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/multiverse i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/main TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/multiverse TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/restricted TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/universe TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/main Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/restricted Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/universe Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/multiverse Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/main i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/restricted i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/universe i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/multiverse i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/main TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/multiverse TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/restricted TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/universe TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/main Translation-de
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/main Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/multiverse Translation-de
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/multiverse Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/restricted Translation-de
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/restricted Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/universe Translation-de
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/universe Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/main Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/multiverse Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/restricted Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/universe Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/main Translation-de
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/main Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/multiverse Translation-de
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/multiverse Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/restricted Translation-de
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/restricted Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/universe Translation-de
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/universe Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/main Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/multiverse Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/restricted Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/universe Translation-en
Ign http://archive.canonical.com precise/partner Translation-de_DE
Ign http://extras.ubuntu.com precise/main Translation-de_DE
Ign http://deb.opera.com stable/non-free Translation-de_DE
Ign http://archive.canonical.com precise/partner Translation-de
Ign http://extras.ubuntu.com precise/main Translation-de
Ign http://deb.opera.com stable/non-free Translation-de
Ign http://archive.canonical.com precise/partner Translation-en
Ign http://extras.ubuntu.com precise/main Translation-en
Ign http://deb.opera.com stable/non-free Translation-en
Paketlisten werden gelesen... Fertig
W: Duplicate sources.list entry http://deb.opera.com/opera/ stable/non-free i386 Packages (/var/lib/apt/lists/deb.opera.com_opera_dists_stable_non-free_binary-i386_Packages)
W: Probieren Sie »apt-get update«, um diese Probleme zu korrigieren
akoks@akoks-Think:~$ gksudo gedit /etc/apt/sources.list
akoks@akoks-Think:~$ sudo apt-get update
OK http://deb.opera.com stable Release.gpg
OK http://de.archive.ubuntu.com precise Release.gpg
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security Release.gpg
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates Release.gpg
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports Release.gpg
OK http://archive.canonical.com precise Release.gpg
OK http://extras.ubuntu.com precise Release.gpg
OK http://deb.opera.com stable Release
OK http://de.archive.ubuntu.com precise Release
OK http://archive.canonical.com precise Release
OK http://extras.ubuntu.com precise Release
OK http://deb.opera.com stable/non-free i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security Release
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates Release
OK http://archive.canonical.com precise/partner Sources
OK http://extras.ubuntu.com precise/main Sources
Ign http://deb.opera.com stable/non-free TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports Release
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/main Sources
OK http://archive.canonical.com precise/partner i386 Packages
Ign http://archive.canonical.com precise/partner TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/restricted Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/universe Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/multiverse Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/main i386 Packages
OK http://extras.ubuntu.com precise/main i386 Packages
Ign http://extras.ubuntu.com precise/main TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/restricted i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/universe i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/multiverse i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/main TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/multiverse TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/restricted TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/universe TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/main Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/restricted Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/universe Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/multiverse Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/main i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/restricted i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/universe i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/multiverse i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/main TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/multiverse TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/restricted TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/universe TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/main Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/restricted Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/universe Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/multiverse Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/main i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/restricted i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/universe i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/multiverse i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/main TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/multiverse TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/restricted TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/universe TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/main Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/restricted Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/universe Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/multiverse Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/main i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/restricted i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/universe i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/multiverse i386 Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/main TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/multiverse TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/restricted TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/universe TranslationIndex
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/main Translation-de
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/main Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/multiverse Translation-de
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/multiverse Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/restricted Translation-de
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/restricted Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/universe Translation-de
OK http://de.archive.ubuntu.com precise/universe Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/main Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/multiverse Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/restricted Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-security/universe Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/main Translation-de
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/main Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/multiverse Translation-de
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/multiverse Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/restricted Translation-de
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/restricted Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/universe Translation-de
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-updates/universe Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/main Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/multiverse Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/restricted Translation-en
OK http://de.archive.ubuntu.com precise-backports/universe Translation-en
Ign http://deb.opera.com stable/non-free Translation-de_DE
Ign http://archive.canonical.com precise/partner Translation-de_DE
Ign http://extras.ubuntu.com precise/main Translation-de_DE
Ign http://deb.opera.com stable/non-free Translation-de
Ign http://archive.canonical.com precise/partner Translation-de
Ign http://extras.ubuntu.com precise/main Translation-de
Ign http://deb.opera.com stable/non-free Translation-en
Ign http://archive.canonical.com precise/partner Translation-en
Ign http://extras.ubuntu.com precise/main Translation-en
Paketlisten werden gelesen... Fertig

Not in haste to upgrade. Would prefer to remain with 12.04.

let's see what happens after reboot.

cheers for now

Just to explain:
"sudo apt-get upgrade" does NOT perform a release upgrade to a higher Ubuntu release, but just updates the packages to the most current version in your current release (exactly the same what update-manager does).

You could also try to just start update-manager ("Aktualisierungen") and try whether updating packages and installing the new kernel versions works now.

And as a last comment:
You could also remove the kernel images
linux-image-3.2.0-38-generic-pae
linux-image-3.2.0-39-generic-pae
and the headers
linux-headers-3.2.0-29
linux-headers-3.2.0-29-generic-pae
to have cleaned up a few more obsolete packages.

cheers. will proceed as suggested and report accordingly.

akoks@akoks-Think:~$ sudo apt-get upgrade
Paketlisten werden gelesen... Fertig
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut
Statusinformationen werden eingelesen... Fertig
Probieren Sie »apt-get -f install«, um dies zu korrigieren.
Die folgenden Pakete haben unerfüllte Abhängigkeiten:
 linux-generic-pae : Hängt ab von: linux-image-generic-pae (= 3.2.0.44.53) aber 3.2.0.45.54 ist installiert
 linux-headers-generic-pae : Hängt ab von: linux-headers-3.2.0-44-generic-pae ist aber nicht installiert
E: Unerfüllte Abhängigkeiten. Versuchen Sie, -f zu benutzen.

Do what the error message recommends:

sudo apt-get -f install
sudo apt-get upgrade

Kindly see below:

akoks@akoks-Think:~$ sudo apt-get -f install
Paketlisten werden gelesen... Fertig
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut
Statusinformationen werden eingelesen... Fertig
Abhängigkeiten werden korrigiert... Fertig
Das folgende Paket wurde automatisch installiert und wird nicht mehr benötigt:
  acroread-common
Verwenden Sie »apt-get autoremove«, um sie zu entfernen.
Die folgenden zusätzlichen Pakete werden installiert:
  linux-generic-pae linux-headers-generic-pae
Die folgenden Pakete werden aktualisiert (Upgrade):
  linux-generic-pae linux-headers-generic-pae
2 aktualisiert, 0 neu installiert, 0 zu entfernen und 46 nicht aktualisiert.
2 nicht vollständig installiert oder entfernt.
Es müssen noch 0 B von 4.196 B an Archiven heruntergeladen werden.
Nach dieser Operation werden 0 B Plattenplatz zusätzlich benutzt.
Möchten Sie fortfahren [J/n]?
dpkg: Abhängigkeitsprobleme verhindern Konfiguration von linux-headers-generic-pae:
 linux-headers-generic-pae hängt ab von linux-headers-3.2.0-44-generic-pae; aber:
  Paket linux-headers-3.2.0-44-generic-pae ist nicht installiert.
dpkg: Fehler beim Bearbeiten von linux-headers-generic-pae (--configure):
 Abhängigkeitsprobleme - verbleibt unkonfiguriert
dpkg: Abhängigkeitsprobleme verhindern Konfiguration von linux-generic-pae:
 linux-generic-pae hängt ab von linux-image-generic-pae (= 3.2.0.44.53); aber:
  Version von linux-image-generic-pae auf dem System ist 3.2.0.45.54.
 linux-generic-pae hängt ab von linux-headers-generic-pae (= 3.2.0.44.53); aber:
  Paket linux-headers-generic-pae ist noch nicht konfiguriert.
dpkg: Fehler beim Bearbeiten von linux-generic-pae (--configure):
 Abhängigkeitsprobleme - verbleibt unkonfiguriert
Es wurde kein Apport-Bericht verfasst, da die Fehlermeldung darauf hindeutet, dass dies lediglich ein Folgefehler eines vorherigen Problems ist.
                                                                                                                                                Es wurde kein Apport-Bericht verfasst, da die Fehlermeldung darauf hindeutet, dass dies lediglich ein Folgefehler eines vorherigen Problems ist.
                                                                                                               Fehler traten auf beim Bearbeiten von:
 linux-headers-generic-pae
 linux-generic-pae
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1)

new attempt:

sudo apt-get install linux-headers-3.2.0-44-generic-pae
sudo apt-get install -f

No luck:

akoks@akoks-Think:~$ sudo apt-get install linux-headers-3.2.0-44-generic-pae
Paketlisten werden gelesen... Fertig
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut
Statusinformationen werden eingelesen... Fertig
Probieren Sie »apt-get -f install«, um dies zu korrigieren:
Die folgenden Pakete haben unerfüllte Abhängigkeiten:
 linux-generic-pae : Hängt ab von: linux-image-generic-pae (= 3.2.0.44.53) aber 3.2.0.45.54 soll installiert werden
E: Unerfüllte Abhängigkeiten. Versuchen Sie »apt-get -f install« ohne Angabe eines Pakets (oder geben Sie eine Lösung an).
akoks@akoks-Think:~$ sudo apt-get -f install
Paketlisten werden gelesen... Fertig
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut
Statusinformationen werden eingelesen... Fertig
Abhängigkeiten werden korrigiert... Fertig
Das folgende Paket wurde automatisch installiert und wird nicht mehr benötigt:
  acroread-common
Verwenden Sie »apt-get autoremove«, um sie zu entfernen.
Die folgenden zusätzlichen Pakete werden installiert:
  linux-generic-pae linux-headers-generic-pae
Die folgenden Pakete werden aktualisiert (Upgrade):
  linux-generic-pae linux-headers-generic-pae
2 aktualisiert, 0 neu installiert, 0 zu entfernen und 46 nicht aktualisiert.
2 nicht vollständig installiert oder entfernt.
Es müssen noch 0 B von 4.196 B an Archiven heruntergeladen werden.
Nach dieser Operation werden 0 B Plattenplatz zusätzlich benutzt.
Möchten Sie fortfahren [J/n]?
dpkg: Abhängigkeitsprobleme verhindern Konfiguration von linux-headers-generic-pae:
 linux-headers-generic-pae hängt ab von linux-headers-3.2.0-44-generic-pae; aber:
  Paket linux-headers-3.2.0-44-generic-pae ist nicht installiert.
dpkg: Fehler beim Bearbeiten von linux-headers-generic-pae (--configure):
 Abhängigkeitsprobleme - verbleibt unkonfiguriert
Es wurde kein Apport-Bericht verfasst, da das Limit MaxReports bereits erreicht ist
                                                                                   dpkg: Abhängigkeitsprobleme verhindern Konfiguration von linux-generic-pae:
 linux-generic-pae hängt ab von linux-image-generic-pae (= 3.2.0.44.53); aber:
  Version von linux-image-generic-pae auf dem System ist 3.2.0.45.54.
 linux-generic-pae hängt ab von linux-headers-generic-pae (= 3.2.0.44.53); aber:
  Paket linux-headers-generic-pae ist noch nicht konfiguriert.
dpkg: Fehler beim Bearbeiten von linux-generic-pae (--configure):
 Abhängigkeitsprobleme - verbleibt unkonfiguriert
Es wurde kein Apport-Bericht verfasst, da das Limit MaxReports bereits erreicht ist
                                                                                   Fehler traten auf beim Bearbeiten von:
 linux-headers-generic-pae
 linux-generic-pae
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1)

what is the output of

sudo dpkg --audit

Maybe the command

sudo apt-get install linux-headers-3.2.0-44-generic-pae linux-generic-pae linux-image-generic-pae linux-headers-generic-pae

can repair the broken dependencies.

akoks@akoks-Think:~$ sudo dpkg --audit
[sudo] password for akoks:
Die folgenden Pakete wurden entpackt, aber noch nicht konfiguriert.
Sie müssen mit dpkg --configure oder dem Konfigurations-Menüeintrag in
dselect konfiguriert werden, damit sie ordnungsgemäß funktionieren:
 linux-headers-generic-pae Generic Linux kernel headers
 linux-generic-pae Complete Generic Linux kernel

akoks@akoks-Think:~$ sudo dpkg --configure linux-headers-3.2.0-44-generic-pae linux-generic-pae linux-image-generic-pae linux-headers-generic-pae
dpkg: Warnung: there's no installed package matching linux-headers-3.2.0-44-generic-pae
dpkg: Abhängigkeitsprobleme verhindern Konfiguration von linux-generic-pae:
 linux-generic-pae hängt ab von linux-image-generic-pae (= 3.2.0.44.53); aber:
  Version von linux-image-generic-pae auf dem System ist 3.2.0.45.54.
dpkg: Fehler beim Bearbeiten von linux-generic-pae (--configure):
 Abhängigkeitsprobleme - verbleibt unkonfiguriert
dpkg: Fehler beim Bearbeiten von linux-image-generic-pae (--configure):
 Paket linux-image-generic-pae ist schon installiert und konfiguriert
dpkg: Abhängigkeitsprobleme verhindern Konfiguration von linux-headers-generic-pae:
 linux-headers-generic-pae hängt ab von linux-headers-3.2.0-44-generic-pae; aber:
  Paket linux-headers-3.2.0-44-generic-pae ist nicht installiert.
dpkg: Fehler beim Bearbeiten von linux-headers-generic-pae (--configure):
 Abhängigkeitsprobleme - verbleibt unkonfiguriert
Fehler traten auf beim Bearbeiten von:
 linux-generic-pae
 linux-image-generic-pae
 linux-headers-generic-pae

not dpkg --configure ...
but

sudo apt-get install linux-headers-3.2.0-44-generic-pae linux-generic-pae linux-image-generic-pae linux-headers-generic-pae

Full report:

akoks@akoks-Think:~$ sudo apt-get install linux-headers-3.2.0-44-generic-pae linux-generic-pae linux-image-generic-pae linux-headers-generic-pae
[sudo] password for akoks:
Paketlisten werden gelesen... Fertig
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut
Statusinformationen werden eingelesen... Fertig
linux-image-generic-pae ist schon die neueste Version.
Das folgende Paket wurde automatisch installiert und wird nicht mehr benötigt:
  acroread-common
Verwenden Sie »apt-get autoremove«, um sie zu entfernen.
Die folgenden NEUEN Pakete werden installiert:
  linux-headers-3.2.0-44-generic-pae
Die folgenden Pakete werden aktualisiert (Upgrade):
  linux-generic-pae linux-headers-generic-pae
2 aktualisiert, 1 neu installiert, 0 zu entfernen und 46 nicht aktualisiert.
2 nicht vollständig installiert oder entfernt.
Es müssen 983 kB an Archiven heruntergeladen werden.
Nach dieser Operation werden 11,3 MB Plattenplatz zusätzlich benutzt.
Möchten Sie fortfahren [J/n]?
Hole:1 http://de.archive.ubuntu.com/ubuntu/ precise-security/main linux-generic-pae i386 3.2.0.45.54 [1.728 B]
Hole:2 http://de.archive.ubuntu.com/ubuntu/ precise-security/main linux-headers-generic-pae i386 3.2.0.45.54 [2.468 B]
Hole:3 http://de.archive.ubuntu.com/ubuntu/ precise-security/main linux-headers-3.2.0-44-generic-pae i386 3.2.0-44.69 [979 kB]
Es wurden 983 kB in 1 s geholt (549 kB/s)
(Lese Datenbank ... 300675 Dateien und Verzeichnisse sind derzeit installiert.)
Entpacken von linux-headers-3.2.0-44-generic-pae (aus .../linux-headers-3.2.0-44-generic-pae_3.2.0-44.69_i386.deb) ...
dpkg: Abhängigkeitsprobleme verhindern Konfiguration von linux-generic-pae:
 linux-generic-pae hängt ab von linux-image-generic-pae (= 3.2.0.44.53); aber:
  Version von linux-image-generic-pae auf dem System ist 3.2.0.45.54.
dpkg: Fehler beim Bearbeiten von linux-generic-pae (--configure):
 Abhängigkeitsprobleme - verbleibt unkonfiguriert
Es wurde kein Apport-Bericht verfasst, da das Limit MaxReports bereits erreicht ist
   linux-headers-3.2.0-44-generic-pae (3.2.0-44.69) wird eingerichtet ...
Examining /etc/kernel/header_postinst.d.
run-parts: executing /etc/kernel/header_postinst.d/dkms 3.2.0-44-generic-pae /boot/vmlinuz-3.2.0-44-generic-pae
linux-headers-generic-pae (3.2.0.44.53) wird eingerichtet ...
Fehler traten auf beim Bearbeiten von:
 linux-generic-pae
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1)

Looks as if one of the problems has been resolved, try again with

sudo dpkg --audit
sudo apt-get install -f
sudo apt-get install linux-image-generic-pae linux-generic-pae

akoks@akoks-Think:~$ sudo dpkg --audit
Die folgenden Pakete wurden entpackt, aber noch nicht konfiguriert.
Sie müssen mit dpkg --configure oder dem Konfigurations-Menüeintrag in
dselect konfiguriert werden, damit sie ordnungsgemäß funktionieren:
 linux-generic-pae Complete Generic Linux kernel

proceed or not ?

cheers.

Result after running "sudo apt-get install -f" is:

akoks@akoks-Think:~$ sudo apt-get install -f
Paketlisten werden gelesen... Fertig
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut
Statusinformationen werden eingelesen... Fertig
Abhängigkeiten werden korrigiert... Fertig
Die folgenden zusätzlichen Pakete werden installiert:
  linux-generic-pae
Die folgenden Pakete werden aktualisiert (Upgrade):
  linux-generic-pae
1 aktualisiert, 0 neu installiert, 0 zu entfernen und 46 nicht aktualisiert.
1 nicht vollständig installiert oder entfernt.
Es müssen noch 0 B von 1.728 B an Archiven heruntergeladen werden.
Nach dieser Operation werden 0 B Plattenplatz zusätzlich benutzt.
Möchten Sie fortfahren [J/n]?
dpkg: Abhängigkeitsprobleme verhindern Konfiguration von linux-generic-pae:
 linux-generic-pae hängt ab von linux-image-generic-pae (= 3.2.0.44.53); aber:
  Version von linux-image-generic-pae auf dem System ist 3.2.0.45.54.
 linux-generic-pae hängt ab von linux-headers-generic-pae (= 3.2.0.44.53); aber:
  Version von linux-headers-generic-pae auf dem System ist 3.2.0.45.54.
dpkg: Fehler beim Bearbeiten von linux-generic-pae (--configure):
 Abhängigkeitsprobleme - verbleibt unkonfiguriert
Es wurde kein Apport-Bericht verfasst, da die Fehlermeldung darauf hindeutet, dass dies lediglich ein Folgefehler eines vorherigen Problems ist.
                                                                Fehler traten auf beim Bearbeiten von:
 linux-generic-pae
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1)

Si did exactly what i was afraid to do all the time:

!) deleted linux-generic-pae (3.2.0.44.53) using synaptic
ii) run <sudo apt-get update> (no errors)>
iii) run <sudo apt-get upgrade> (no errors)
iv) rebooted (successfully)
v) run <sudo apt-get -f install> (no errors)
vi) run <sudo apt-get update> (no errors)
vii) run <sudo apt-get upgrade> (no erors)
viii) cleaned the install-cahe with <sudo apt-get clean> (no errors)
ix) <sudo grub-mkconfig> (no errors)
x) <sudo update-grub> (no errors)

system now running clean.

herzlichen Dank.

Congratulations for finding the final solution for your problem.
You might re-install linux-generic-pae again to make sure that you receive future kernel updates.

If there is no problem left, you might mark this question as solved.

And do not forget to keep an eye on free space and do housekeeping on obsolete kernel versions to avoid a re-occurence of your problem.