diff -Nru libgclib-0.12.7+ds/debian/changelog libgclib-0.12.7+ds/debian/changelog
--- libgclib-0.12.7+ds/debian/changelog	2022-11-08 20:07:26.000000000 +0000
+++ libgclib-0.12.7+ds/debian/changelog	2024-04-19 00:08:06.000000000 +0000
@@ -1,3 +1,11 @@
+libgclib (0.12.7+ds-5ubuntu1~ppa1) noble; urgency=medium
+
+  * Rename libgclib3 package as although it is not affected by the
+    time_t transition to 64-bits, it is affected by the LFS migration
+    which is implied by the time_t changes.
+
+ -- Michael Hudson-Doyle <michael.hudson@ubuntu.com>  Fri, 19 Apr 2024 12:08:06 +1200
+
 libgclib (0.12.7+ds-5) unstable; urgency=medium
 
   * d/control: add myself to uploaders.
diff -Nru libgclib-0.12.7+ds/debian/control libgclib-0.12.7+ds/debian/control
--- libgclib-0.12.7+ds/debian/control	2022-11-08 20:07:26.000000000 +0000
+++ libgclib-0.12.7+ds/debian/control	2024-04-19 00:08:05.000000000 +0000
@@ -1,5 +1,6 @@
 Source: libgclib
-Maintainer: Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
+Maintainer: Ubuntu Developers <ubuntu-devel-discuss@lists.ubuntu.com>
+XSBC-Original-Maintainer: Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
 Uploaders: Steffen Moeller <moeller@debian.org>,
            Andreas Tille <tille@debian.org>,
            Michael R. Crusoe <crusoe@debian.org>,
@@ -18,7 +19,7 @@
 Architecture: any
 Multi-Arch: same
 Section: libdevel
-Depends: libgclib3 (= ${binary:Version}),
+Depends: libgclib3t64 (= ${binary:Version}),
          ${misc:Depends}
 Description: header files for Genome Code Lib (GCLib)
  This is an eclectic gathering of (mostly) C++ code which upstream used
@@ -37,7 +38,10 @@
  Header files of Genome Code Lib. It is mainly known for being
  used by StringTie but with its own release cycle.
 
-Package: libgclib3
+Package: libgclib3t64
+Provides: ${t64:Provides}
+Replaces: libgclib3
+Breaks: libgclib3 (<< ${source:Version})
 Architecture: any
 Multi-Arch: same
 Section: libs
diff -Nru libgclib-0.12.7+ds/debian/libgclib3.symbols.amd64 libgclib-0.12.7+ds/debian/libgclib3.symbols.amd64
--- libgclib-0.12.7+ds/debian/libgclib3.symbols.amd64	2022-11-08 20:07:26.000000000 +0000
+++ libgclib-0.12.7+ds/debian/libgclib3.symbols.amd64	1970-01-01 00:00:00.000000000 +0000
@@ -1,643 +0,0 @@
-libgclib.so.3 libgclib3 #MINVER#
-* Build-Depends-Package: libgclib-dev
- CLASSCODE_OVL_RANK@Base 0.11.4
- COLOR_buf@Base 0.11.4
- GA_flag_BAD_ALIGN@Base 0.11.4
- GA_flag_HAS_PARENT@Base 0.11.4
- GA_flag_IS_REF@Base 0.11.4
- GA_flag_PREPPED@Base 0.11.4
- GFFSCORE_NONE@Base 0.11.4
- GFF_MAX_EXON@Base 0.11.4
- GFF_MAX_INTRON@Base 0.11.4
- GFF_MAX_LOCUS@Base 0.11.4
- IUPAC_2BIT@Base 0.11.4
- IUPAC_2BITN@Base 0.11.4
- IUPAC_COMP@Base 0.11.4
- IUPAC_DEFS@Base 0.11.4
- IdxDataSIZE32@Base 0.11.4
- IdxDataSIZE@Base 0.11.4
- _Z10BLAST_Gdb3PiS_S_@Base 0.11.4
- _Z10GSocketErr4GStrb@Base 0.11.4
- _Z10GmktempdirPc@Base 0.11.4
- _Z10buf_getnumP9GCDBufferRjPj@Base 0.11.4
- _Z10fileExistsPKc@Base 0.11.4
- _Z10fnv1a_hashPKc@Base 0.11.4
- _Z10g2bit2baseh@Base 0.11.4
- _Z10gcdb_allocj@Base 0.11.4
- _Z10getFileExtPKc@Base 0.11.4
- _Z10getOvlDataR6GffObjS0_bi@Base 0.12.7
- _Z10parseFloatRPcRf@Base 0.11.4
- _Z10replaceStrRPcS_@Base 0.11.4
- _Z10startsWithPKcS0_@Base 0.11.4
- _Z10table6mersPKciPP4GVecItE@Base 0.11.4
- _Z10trimSuffixPcPKc@Base 0.11.4
- _Z10uint32_sunPv@Base 0.11.4
- _Z10uint32_x86Pv@Base 0.11.4
- _Z10writeFastaP8_IO_FILEPKcS2_S2_ii@Base 0.11.4
- _Z11GreedyAlignPKciS0_ibiii@Base 0.11.4
- _Z11cdb_hashaddjh@Base 0.11.4
- _Z11cmpSeedDiagPvS_@Base 0.11.4
- _Z11color_resetP8_IO_FILE@Base 0.11.4
- _Z11dbg_dequoteRPc@Base 0.11.4
- _Z11delFileNamePc@Base 0.11.4
- _Z11endian_testv@Base 0.11.4
- _Z11fastaSeqGetR8GFastaDbPKc@Base 0.11.4
- _Z11getFileNamePKc@Base 0.11.4
- _Z11newEmptyStrv@Base 0.11.4
- _Z11parseDoubleRPcRd@Base 0.11.4
- _Z11parseNumberRPcRd@Base 0.11.4
- _Z11read_dbinfoiPPcR7cdbInfo@Base 0.11.4
- _Z11startsiWithPKcS0_@Base 0.11.4
- _Z11strExonTypec@Base 0.11.4
- _Z11trimiSuffixPcPKc@Base 0.11.4
- _Z11uint32_packPcj@Base 0.11.4
- _Z12cmpSeedScorePvS_@Base 0.11.4
- _Z12collectSeedsR5GListI6GXSeedER9GXSeqData12GAlnTrimType@Base 0.11.4
- _Z12color_normalP8_IO_FILE@Base 0.11.4
- _Z12gffnames_refRP8GffNames@Base 0.11.4
- _Z12gfo_cmpByLocPvS_@Base 0.11.4
- _Z12haveStdInputv@Base 0.12.7
- _Z12ntComplementc@Base 0.11.4
- _Z12reverseCharsPci@Base 0.11.4
- _Z12to_unix_pathPc@Base 0.12.7
- _Z12translateDNAPKcRii@Base 0.11.4
- _Z13color_resetbgP8_IO_FILE@Base 0.11.4
- _Z13color_resetfgP8_IO_FILE@Base 0.11.4
- (arch-bits=64)_Z13commaprintnumm@Base 0.11.4
- (arch-bits=32)_Z13commaprintnumy@Base 0.11.4
- _Z13compareCountsPvS_@Base 0.11.4
- _Z13compareOrdnumPvS_@Base 0.11.4
- _Z13inplace_LowerPc@Base 0.11.4
- _Z13match_adapterR9GXSeqData12GAlnTrimTypeiP16CGreedyAlignDatad@Base 0.11.4
- _Z13uint32_unpackPcPj@Base 0.11.4
- _Z14GXGreedyExtendPKciS0_ibRiS1_R16CGreedyAlignDataP12GXEditScript@Base 0.11.4
- _Z14classcode_rankc@Base 0.11.4
- _Z14cmpDiagBands_RPvS_@Base 0.11.4
- _Z14cmpSeedScore_RPvS_@Base 0.11.4
- _Z14codonTableInitv@Base 0.11.4
- _Z14extendUngappedPKciiS0_iiRiS1_S1_b@Base 0.11.4
- _Z14gffnames_unrefRP8GffNames@Base 0.11.4
- _Z14gfo_cmpRefByIDPvS_@Base 0.11.4
- _Z14translateCodonPKc@Base 0.11.4
- _Z15printEditScriptP12GXEditScript@Base 0.11.4
- _Z15transcriptMatchR6GffObjS0_Rii@Base 0.11.10
- _Z15uint32_pack_bigPcj@Base 0.11.4
- _Z16BED_addAttributeP8_IO_FILERiPKcz@Base 0.11.4
- _Z16DefLTCompareProcI4GSegEiPvS1_@Base 0.11.4
- _Z16gthreads_errExitiPKc@Base 0.11.4
- _Z16singleExonTMatchR6GffObjS0_Rii@Base 0.11.10
- _Z15transcriptMatchR6GffObjS0_Rii@Base 0.11.10
- _Z17GreedyAlignRegionPKciiS0_iiP16CGreedyAlignDataP8CAlnTrimb@Base 0.11.4
- _Z17GreedyAlignRegionPKciiS0_iiiiiP16CGreedyAlignDataP8CAlnTrimb@Base 0.11.4
- _Z17gcvt_endian_setupv@Base 0.11.4
- _Z17reverseComplementPci@Base 0.11.4
- _Z17uint32_unpack_bigPcPj@Base 0.11.4
- _Z19s_FindFirstMismatchPKciS0_iiib@Base 0.11.4
- _Z23s_GetNextNonAffineTbackPPiiiS_@Base 0.11.4
- _Z6GErrorPKcz@Base 0.11.4
- _Z6GfopenPKcPc@Base 0.11.4
- _Z6GmkdirPKcbi@Base 0.11.4
- _Z6GstrEqPKcS0_@Base 0.11.4
- _Z6loCasePKc@Base 0.11.4
- _Z6upCasePKc@Base 0.11.4
- _Z7GAssertPKcS0_j@Base 0.11.4
- _Z7G_mkdirPKci@Base 0.11.4
- _Z7GstrcmpPKcS0_i@Base 0.11.4
- _Z7GstrdupPKcS0_@Base 0.11.4
- _Z7GstrdupPKci@Base 0.11.4
- _Z7GstriEqPKcS0_@Base 0.11.4
- _Z7GsubstrPKcPcS1_@Base 0.11.4
- _Z7buf_getP9GCDBufferRjPcj@Base 0.11.4
- _Z7get6merPc@Base 0.11.4
- _Z7rstrchrPcc@Base 0.11.4
- _Z7rstrstrPKcS0_S0_@Base 0.11.4
- _Z7strchrsPKcS0_@Base 0.11.4
- _Z7strhashPKc@Base 0.11.4
- _Z8GMessagePKcz@Base 0.11.4
- _Z8GmemscanPvjS_j@Base 0.11.4
- _Z8GstricmpPKcS0_i@Base 0.11.4
- _Z8cdb_hashPKcj@Base 0.11.4
- _Z8chrInStrcPKc@Base 0.11.4
- _Z8color_bgiP8_IO_FILE@Base 0.11.4
- _Z8color_fgiP8_IO_FILE@Base 0.11.4
- _Z8djb_hashPKc@Base 0.11.4
- _Z8endsWithPKcS0_@Base 0.11.4
- (arch-bits=64)_Z8fgetlineRPcRiP8_IO_FILEPlPi@Base 0.11.4
- (arch-bits=32)_Z8fgetlineRPcRiP8_IO_FILEPxPi@Base 0.11.4
- _Z8fileSizePKc@Base 0.11.4
- _Z8gDnaInitv@Base 0.11.4
- _Z8gdna2bitRPci@Base 0.11.4
- _Z8get_lastPPiiiS_@Base 0.11.4
- _Z8offt_sunPv@Base 0.11.4
- _Z8offt_x86Pv@Base 0.11.4
- _Z8parseHexRPcRj@Base 0.11.4
- _Z8parseIntRPcRi@Base 0.11.4
- _Z8qsortnucPKvS0_@Base 0.11.4
- _Z8rstrfindPKcS0_@Base 0.11.4
- _Z8strToIntPcRi@Base 0.11.4
- _Z8strifindPKcS0_@Base 0.11.4
- _Z8strlowerPc@Base 0.11.4
- _Z8strsplitPcR9GDynArrayIS_EPKci@Base 0.11.4
- _Z8strsplitPcR9GDynArrayIS_Eci@Base 0.11.4
- _Z8strsplitPcR9GDynArrayIS_Ei@Base 0.11.4
- _Z8strupperPc@Base 0.11.4
- _Z9BLAST_Gcdii@Base 0.11.4
- _Z9GrealpathPKcPc@Base 0.12.7
- _Z9endsiWithPKcS0_@Base 0.11.4
- _Z9int16_sunPv@Base 0.11.4
- _Z9int16_x86Pv@Base 0.11.4
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- _Z9packCodonccc@Base 0.11.4
- _Z9parseUIntRPcRj@Base 0.11.4
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- _ZGVZN7GThread11num_runningEvE5vLock@Base 0.11.4
- _ZN10GAlnColumn6removeEv@Base 0.11.4
- _ZN10GAlnColumn8bestCharEPs@Base 0.11.4
- _ZN10GStopWatch10startTimerEv@Base 0.11.4
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- _ZN10GUDPSocket12setBroadcastEv@Base 0.11.4
- _ZN10GUDPSocket15setMulticastTTLEh@Base 0.11.4
- _ZN10GUDPSocket6sendToEPKviRK4GStrt@Base 0.11.4
- _ZN10GUDPSocket8recvFromEPviR4GStrRt@Base 0.11.4
- _ZN10GUDPSocket9joinGroupERK4GStr@Base 0.11.4
- _ZN10MSAColumns14refineClippingE@Base 0.11.4
- _ZN10MSAColumns14removeConsGapsE@Base 0.11.4
- _ZN11GCommSocket10setTimeoutEi@Base 0.11.4
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- _ZN11GCommSocket17getForeignAddressEv@Base 0.11.4
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- _ZN11GCommSocket4sendEPKvi@Base 0.11.4
- _ZN11GCommSocket7connectERK4GStrt@Base 0.11.4
- _ZN11GCommSocket8recvlineEv@Base 0.11.4
- _ZN11GFastaIndex10buildIndexEv@Base 0.11.4
- _ZN11GFastaIndex10storeIndexEP8_IO_FILE@Base 0.11.4
- _ZN11GFastaIndex10storeIndexEPKc@Base 0.11.4
- (arch-bits=64)_ZN11GFastaIndex9addRecordEPKcjlii@Base 0.11.4
- (arch-bits=32)_ZN11GFastaIndex9addRecordEPKcjxii@Base 0.11.4
- _ZN11GFastaIndex9loadIndexEPKc@Base 0.11.4
- (arch-bits=64)_ZN11GLineReader7getLineEP8_IO_FILERl@Base 0.11.4
- (arch-bits=32)_ZN11GLineReader7getLineEP8_IO_FILERx@Base 0.11.4
- _ZN12GRangeParser5parseEPc@Base 0.12.7
- _ZN12GReadBufLine3lenEv@Base 0.11.4
- _ZN12GReadBufLine4fposEv@Base 0.11.4
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- _ZN14GapXEditScript5printEv@Base 0.11.4
- _ZN14current_thread5yieldEv@Base 0.11.4
- _ZN14current_thread9sleep_forEi@Base 0.11.4
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- _ZN16GTCPServerSocket9setListenEi@Base 0.11.4
- _ZN4GStr11make_uniqueEv@Base 0.11.4
- _ZN4GStr12appendQuotedEPKccb@Base 0.11.4
- _ZN4GStr12replace_dataEPNS_4DataE@Base 0.11.4
- _ZN4GStr13startTokenizeEPKc14enTokenizeMode@Base 0.11.4
- _ZN4GStr18invalid_args_errorEPKc@Base 0.11.4
- _ZN4GStr19invalid_index_errorEPKc@Base 0.11.4
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- _ZN4GStr3cutEii@Base 0.11.4
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- _ZN4GStr4padCEjc@Base 0.11.4
- _ZN4GStr4padLEjc@Base 0.11.4
- _ZN4GStr4padREjc@Base 0.11.4
- (arch-bits=32)_ZN4GStr4readEP8_IO_FILEPKcj@Base 0.11.4
- (arch-bits=64)_ZN4GStr4readEP8_IO_FILEPKcm@Base 0.11.4
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- _ZN4GStr4trimEc@Base 0.11.4
- _ZN4GStr5asIntERii@Base 0.11.4
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- _ZN4GStr5splitEc@Base 0.11.4
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- _ZN4GStr5trimLEc@Base 0.11.4
- _ZN4GStr5trimREPKc@Base 0.11.4
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- _ZN4GStr5upperEv@Base 0.11.4
- _ZN4GStr6appendEPKc@Base 0.11.4
- _ZN4GStr6appendEPKci@Base 0.11.4
- _ZN4GStr6appendERKS_@Base 0.11.4
- _ZN4GStr6appendEc@Base 0.11.4
- _ZN4GStr6appendEd@Base 0.11.4
- _ZN4GStr6appendEi@Base 0.11.4
- _ZN4GStr6appendEj@Base 0.11.4
- _ZN4GStr6appendEl@Base 0.11.4
- _ZN4GStr6appendEm@Base 0.11.4
- _ZN4GStr6asRealERd@Base 0.11.4
- _ZN4GStr6asRealEv@Base 0.11.4
- _ZN4GStr6assignEPKc@Base 0.12.7
- _ZN4GStr6assignEi@Base 0.12.7
- _ZN4GStr6detachEv@Base 0.11.4
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- _ZN4GStr6insertERKS_i@Base 0.11.4
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- _ZN4GStr6splitrEc@Base 0.11.4
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- _ZN4GStr8new_dataEjj@Base 0.11.4
- _ZN4GStr9appendfmtEPKcz@Base 0.11.4
- _ZN4GStr9appendmemEPKci@Base 0.11.4
- _ZN4GStr9nextTokenERS_@Base 0.11.4
- _ZN4GStr9null_dataE@Base 0.11.4
- _ZN4GStr9prep_dataEjj@Base 0.11.4
- _ZN4GStrC1EPKcj@Base 0.11.4
- _ZN4GStrC1ERKS_@Base 0.11.4
- _ZN4GStrC1Eci@Base 0.11.4
- _ZN4GStrC1Ed@Base 0.11.4
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- _ZN4GStrC1Ev@Base 0.11.4
- _ZN4GStrC2EPKcj@Base 0.11.4
- _ZN4GStrC2ERKS_@Base 0.11.4
- _ZN4GStrC2Eci@Base 0.11.4
- _ZN4GStrC2Ed@Base 0.11.4
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- _ZN4GStrC2Ev@Base 0.11.4
- _ZN4GStrD1Ev@Base 0.11.4
- _ZN4GStrD2Ev@Base 0.11.4
- _ZN4GStraSEPKc@Base 0.11.4
- _ZN4GStraSERKS_@Base 0.11.4
- _ZN4GStraSEd@Base 0.11.4
- _ZN4GStraSEi@Base 0.11.4
- _ZN4GStrixEi@Base 0.11.4
- _ZN5Codon9translateEv@Base 0.11.4
- _ZN5GASeq10removeBaseEi@Base 0.11.4
- _ZN5GASeq11printMFastaEP8_IO_FILEi@Base 0.11.4
- _ZN5GASeq11reverseGapsEv@Base 0.11.4
- _ZN5GASeq13revComplementEi@Base 0.11.4
- _ZN5GASeq14printGappedSeqEP8_IO_FILEi@Base 0.11.4
- _ZN5GASeq14refineClippingER9GDynArrayIcEib@Base 0.11.4
- _ZN5GASeq14removeClipGapsEv@Base 0.11.4
- _ZN5GASeq16printGappedFastaEP8_IO_FILE@Base 0.11.4
- _ZN5GASeq5toMSAER10MSAColumnsi@Base 0.11.4
- _ZN5GASeq6addGapEis@Base 0.11.4
- _ZN5GASeq6setGapEis@Base 0.11.4
- _ZN5GASeq7prepSeqEv@Base 0.11.4
- _ZN5GASeq8finalizeEv@Base 0.11.4
- _ZN5GASeqC1EPKcS1_S1_ii@Base 0.11.4
- _ZN5GASeqC1EPKciiiic@Base 0.11.4
- _ZN5GASeqC1ER8FastaSeqb@Base 0.11.4
- _ZN5GASeqC1ERS_@Base 0.11.4
- _ZN5GASeqC2EPKcS1_S1_ii@Base 0.11.4
- _ZN5GASeqC2EPKciiiic@Base 0.11.4
- _ZN5GASeqC2ER8FastaSeqb@Base 0.11.4
- _ZN5GASeqC2ERS_@Base 0.11.4
- _ZN5GASeqD1Ev@Base 0.11.4
- _ZN5GASeqD2Ev@Base 0.11.4
- _ZN5GArgs10getOptNameEi@Base 0.11.4
- _ZN5GArgs10nextNonOptEv@Base 0.11.4
- _ZN5GArgs10printErrorEP8_IO_FILEPKcb@Base 0.11.4
- _ZN5GArgs10printErrorEPKcb@Base 0.11.4
- _ZN5GArgs11startNonOptEv@Base 0.11.4
- _ZN5GArgs12printCmdLineEP8_IO_FILE@Base 0.11.4
- _ZN5GArgs12validLongOptEPcS0_@Base 0.11.4
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