Можно ли вывести окно-счетчик?

К сожалению это невозможно. Sikuli распознаёт ВСЁ что визуально находится на экране.
То есть, только если убрать такое окошечко в сторону где оно не будет заслонять нужные элементы.

Ок. Это будет диалоговое окно, в котором обязательно нажать "ОК"? Или же можно чтобы оно висело себе в неиспользуемое области, отображало переменные и не требовало каких-либо действий?

Какое будет оконо и как его создавать не имеет отношения к Sikuli. Там таких возможностей нет.

Я имел ввиду что если сами каким то образом создадите окно то единственный путь для того чтоб всё это работало это разместить его где то сбоку чтоб оно не мешало.

Задам вопрос по другому ... Какие еще есть команды для вывода/ввода информации кроме popup и input?

Для вывода информации можно просто пользоватся коммандой print или в более сложных приложениях python logging module.
А насчёт ввода, вас интересует имменно ручной ввод в runtime. Альтернатива может быть ввод из файла например.

А насчёт ввода, вас интересует имменно ручной ввод в runtime? (Это был вопрос)

Меня больше интересовал вывод информации.. Print не подходит потому как результат можно увидеть только после окончания работы sikuli... а у меня код цикличен, вот и хотелось во время его исполнения увидеть на экране "а=5, b=3" без нажатия на кнопку "ок"

Thanks Eugene S, that solved my question.

на самом деле есть еще метод guide
https://sikulix-2014.readthedocs.io/en/latest/extensions/sikuli-guide/index.html#module-guide